Awal mula bukti sejarah ditunjukan dengan suatu tempat yang terkenal sampai sekarang yaitu “Situs Pomahan Kobong” (Rumah yang dibakar). Ki Ageng Ngino semdiri dimakamkan di desa Sumber Agung Kecamatan Plumpang di Dusun Sundulan (Jasad Ki Ageng Ngino Sundul/menyentuh keranda mayat).

Suatu hari pembesar Majapahit datang kerumah Ki Ageng Ngino yang telah terbakar. Sang Pembesar tersebut sangat prihatin dengan musibah yang menimpa Ki Ageng Ngino bersama keluarga, maka perkampungan dimana Ki Ageng ngino tinggal di beri nama Desa Ngino.

Dalam versi yang lain “NGINO” berarti “NGINUM /MINUM ( ngombe dalam bahasa Jawa)”. Ada juga yang mengatakan “NGINO” bermakna “SUNGAI/KALI”. Hal ini berkaitan dengan keberadaan Sendang Ngino (kali) yang saat ini menjadi sumber kehidupan bagi warga ngino dalam memenuhi kebutuhan air baik untuk rmah tangga maupun untuk pertanian.

2.2.2 Sejarah Pemerintahan Desa

Pada zaman penjajahan Belanda Desa Ngino terbagi dalam 6 Dukuhan yang terdiri dari Dukuhan Ngino Krajan, Dukuhan Bendo, Dukuhan Janten, Dukuhan Pendem, Dukuhan Cumpleng, dan Dukuhan Mangkung. Tiap Dukuhan dibawahi seorang seorang Kamituo yang dibantu oleh Bayan dan Jogoboyo, Seiring dengan perkembang zaman 6 Dukuhan tersebut berubah menjadi satu desa yaitu desa Ngino yang terdiri dari 4 dusun antar lain Dusun Ngino Krajan, Dusun Janten, Dusun Cumplenf, dan dusun Mangkung.

Setiap Dusun di pimpin oleh seorang kepala Dusun, Sejak terbentuk Desa Ngino telah mengalami pergantian kepemimpinan ( Kepala Desa ) sebagai berikut :

1)  Tahun 1908-1922, Desa Ngino dipimpin oleh Ngadiman

2)  Tahun 1922-1942, Desa Ngino dipimpin oleh Ngabidin

3)  Tahun 1942-1981, Desa Ngino dipimpin oleh Sarban Harjo Wasito

4)  Tahun 1981-1982, Desa Ngino dipimpin oleh PJS. Warrsilan

5)  Tahun 1982-1990, Desa Ngino dipimpin oleh Lujeng

6)  Tahun 1990-2001, Desa Ngino dipimpin Tondo Buono

7)  Tahun 2001-2002, Desa Ngino dipimpin oleh PJS. Suntari

8)  Tahun 2002-2007, Desa Ngino dipimpin oleh Warisan

9)  Tahun 2007-2013, Desa Ngino dipimpin oleh Warisan

10)  Tahun 2013-2017, Desa ngino dipimpin oleh Wawan Hariyadi